
Дело в том, что PHP-сценарии, запущенные модулем mod_php, выполняются от имени пользователя wwwserver. Соответственно, если на чтение/модификацию не были выставлены разрешения для всех (достаточно 666 — для файлов, 777 — для каталогов), то модификация созданных такими скриптами файлов (каталогов) пользователю будет запрещена (при доступе по SSH, по FTP).